培养目标不同：自考专科培培养掌握一定理论知识，具有某一专门技能，能从事某一种职业或某一类工作的人才，其知识的讲授是以“能用为度”、“实用为本”。自考本科培养较扎实地掌握本门学科的基础理论，专门知识和基本技能，并具有从事科学研究工作或担负专门技术工作初步能力的高级人才。
学科专业不同：专科专业以面向行业或本地区为主，专业覆盖面较窄，数量较少，社会适应性有限。本科专业以面向行业，面向大经济区域为主，专业覆盖面较宽，数量较多，社会综合适应性较强。
毕业条件不同：自考专科只需所有专业课程考试都及格即可毕业，而自考本科除了这一条件，还需进行毕业答辩，通过全国英语等级考试才能毕业。相对专科来说，本科的毕业更加严格。另外，报读自考本科的考生如果符合主考院校的要求，还可申请学士学位，自考专科无学士学位证书。
文凭用处不同：自考本科文凭效力等同于统招本科，可直接参加公务员考试、考研、教师资格证考试、职称评定。但自考专科文凭却不可，如考研。自考专科生顺利毕业后，经2年或2年以上，达到与大学本科毕业生同等学历，且符合招生单位根据本单位的培养目标对考生提出的具体业务要求的人员才能报考。
